આ મંદિર ને હિંદુઓ ના મુખ્ય ધાર્મિક સ્થળો માંથી એક માનવામાં આવે છે. જેટલું મહત્વ હિંદુ ધર્મ મા ચાર ધામ ની યાત્રા નું એટલું જ મહત્વ અહિયાં સૌરાષ્ટ્ર ના દ્વારકાધીશ કૃષ્ણ ના મંદિર નું છે. વેદ- પુરાણો સૂચવે છે કે આજ થી લગભગ પાંચ હજાર વર્ષ પેહલા દ્વાપર યુગ મા મથુરા છોડી ભગવાન કૃષ્ણ દ્વારકા આવ્યા હતા અને આ નગરી ને પોતાની રાજધાની બનાવી હતી. આ મંદિર ઉપર ચડાવવા મા આવતું ધ્વજ નું પણ અનેરું મહત્વ છે. આ ધ્વજ ની ખાસિયત એ છે કે અહિયાં હવા કોઇપણ દિશા માંથી વેહતી હોય પરંતુ અહિયાં ની ધજા તો સદેવ પશ્ચિમ થી પૂર્વ તરફ જ ફરકે છે.
અહિયાં મંદિર ની ઉપર ફરકતી આ ધજા ને ઘણા કિલોમીટર દૂર થી પણ સારી રીતે જોઇ શકાય છે. જેનું કારણ છે આ ધજા ની લંબાઈ કેમકે આ ધજા નાની નહીં પરંતુ પૂરા પર ગજ ની છે. આ આટલી મોટી ધજા રાખવા પાછળ ની કથા પણ તેટલી જ રોચક છે. એવું માનવામાં આવે છે કે અહિયાં દ્વારકા ઉપર ૫૬ પ્રકાર ના યાદવોએ રાજ કર્યું હતું. તેમના બધાને પોતાના મહેલ હતા અને બધા પાસે પોતાની નિશાની નુ પ્રતિક મનાતા ધ્વજ હતા. આ બધા યાદવો મા મુખ્ય શ્રી કૃષ્ણ, બલરામ, અનિરુદ્ધ તેમજ પ્રધુમ્ન આ ચાર ને ભગવાન ના અંશ માનવામાં આવતા તેથી તેમના મંદિરો બનાવવા મા આવ્યા અને બાકી ના પર પ્રકાર ના યાદવો ના પ્રતિક રુપે દ્વારકાધીશ ના મંદિર ઉપર પર ગજ ની ધજા ચડવવા મા આવે છે.
આ જ રીત નુ અનુસરણ કરીને જયારે ગોમતી ઘાટ તરફ થી મંદિર સુધી જવા મા ૫૬ પગથિયા ની સીડી બનાવવા મા આવી છે. અહિયાં મંદિર ઉપર લહેરાતી ધજા મા સૂર્ય તેમજ ચંદ્ર ના પ્રતિક ચિન્હો જોવા મળે છે જે ભગવાન કૃષ્ણ ના પ્રતિક માનવામાં આવે છે. તેમજ તેનો અર્થ એ પણ કરવામાં આવે છે કે જ્યાં સુધી આ પૃથ્વી ઉપર સૂર્ય-ચંદ્ર રેહશે ત્યાં સુધી ભગવાન કૃષ્ણ ની આ દ્વારકા નગરી તેમજ તેમનું નામ અજરામર રેહશે.
આ દ્વારકાધીશ મંદિર ઉપર નિયમિત પ્રમાણે સવાર, બપોર તેમજ સાંજ ના સમયે એટલે કે દિવસ મા ત્રણ વખત ધજા બદલવામાં આવે છે. અહિયાં ના મંદિર ઉપર ચઢાવવા-ઉતારવા તેમજ દાન-દક્ષિણા નો અધિકાર અબોટી જ્ઞાતિ ના બ્રાહ્મણો ને આપવામાં આવેલ છે. અહિયાં દરેક વખતે અલગ-અલગ રંગ ની ધજા ચઢાવવામાં આવે છે.